Hoi Tobias en Tjerk,
Mijn excuses voor deze heel late reactie, er was iets mis op de site waardoor jullie vraag niet in mijn overzicht belandde. Maar ik wil jullie natuurlijk graag helpen.
Ten eerste lijkt jullie onderwerp me heel erg leuk! Maar ik snap niet het precieze doel van jullie project, moeten jullie de eiwitten alleen 'knippen'? Of moeten jullie ze ook detecteren? Een HPLC scheidt namelijk de verschillende stoffen en meestal wordt deze dus gebruikt om de aminozuren te detecteren... Of volstaat het als je met een indicator kunt aantonen dat de aminozuren aanwezig zijn?
Jullie onderzoek is nog heel breed momenteel aangezien er inderdaad heel veel eiwitten zijn en er verschillende enzymen mogelijk zijn. Maar dit onderzoek lijkt me een goede om te verwerken in je deelvragen. Welk aminozuur valt makkelijk aan te tonen en is goed te 'knippen'? Welk eiwit heeft dit aminozuur als laatste functionele groep? Zo kunnen jullie al dit voorwerk mooi verwerken in je verslag, want het zal al veel tijd innemen denk ik.
Ik heb gekeken of je carboxypeptidase en aminopeptidase makkelijk kan bestellen, dit kan wel maar het is wel prijzig. Voor 100 microliter betaal je al snel 100 euro. Dit lijkt me nogal prijzig voor een PWS. Maar misschien dat je kunt werken met voedingssupplementen. Tegenwoordig worden er heel veel producten verkocht wat de spijsvertering moet bevorderen. Deze bestaan uit bacterien maar vaak ook uit enzymen. Ik ga hier nog verder naar kijken, maar wilde jullie nu graag al een antwoord geven.
Over de reactie, een enzym werkt als een katalysator. Dit houdt in dat het enzym de reactie bevordert (versneld of uberhaupt zorgt dat de reactie plaats kan vinden) maar zelf niet deelneemt aan de reactie en aan het eind nog geheel intact is. De reactie die plaats vindt om het aminozuur te scheiden heet een hydrolyse met behulp van water. Kijk hier voor de reactie bij 'hydrolyse van eiwitten'.
Een enzym bindt zich aan het eiwit, doordat het enzym nu vast zit aan het eiwit verandert dit de uiterlijke structuur van het eiwit enigszins. Hierdoor komt de verbinding tussen de aminozuren beter 'bloot te liggen' en kan het met water reageren. Nadat de reactie heeft plaatsgevonden ontbindt het enzym zich weer van het aminozuur. Hier vind je een uitgebreidere beschrijving van eiwitten.
Ik ga dus kijken of je enzymen uit voedingssuplementen kunt gebruiken, voor jullie lijkt het me een goede volgende stap om te zoeken naar een aminozuur dat makkelijk aan te tonen is met een indicator. Natuurlijk moet dit aminozuur wel goed te 'knippen' vallen met een exopeptidase.
Veel succes en jullie horen binnenkort meer.
PS Nu het andere groepje HPLC gaat doen, betekent dit dat jullie dit niet meer hoeven te doen en ik dus niet meer hoef te kijken of jullie het hier op de TU Delft kunnen doen?