Hey annikavanlent,
Super leuk en relevant onderwerp! Het is een techniek die inderdaad erg veel gebruikt wordt om genetische modificaties uit te voeren, maar vanwege strenge regelgeving romdom CRISPR-Cas is het helaas niet zo makkelijk om een lab te vinden waar jullie terecht kunnen. Het gaat daarom dus niet lukken om hierbij een praktisch deel te doen op de TU Delft.

Toevallig heb ik zelf laatst ook onderzoek gedaan met behulp van CRISPR-Cas (alleen niet mbt een ziektebeeld). Ik zou dus kunnen navragen of er nog een onderzoeker, PhDer of professor is die ook werkt met CRISPR-Cas en open staat voor een interview. Dan zouden jullie al je vragen over CRISPR-Cas kunnen stellen. Anders heb ik ook eventueel nog wel tijd voor een videogesprek of iets dergeljks. Houd er dan wel rekening mee dat dit hoogstwaarschijnlijk niet telt als een praktisch experiment (vraag dit anders even na bij jullie begeleider).
Daarnaast zijn ze bij de universiteit in Leiden iets meer gespecialiseerd in (erfelijke) ziektes, je zou daar kunnen navragen of er nog mogelijkheden zijn en of jullie misschien mogen meelopen!

Ik hoor graag wat jullie hier van vinden!

Met vriendelijke groet,
Demi

Hey mel_pws,
geen probleem dat is heel begrijpelijk! Ik heb thuis even wat deodoranten naast elkaar gelegd en de ingredientenlijst vergeleken. Het is inderdaad lastig om zo weinig mogelijk variatie te hebben. Wat een alternatieve optie is naast deodoranten kopen, is dat je een natuurlijke deodorant zelf maakt (dat recept is op internet te vinden). Op die manier is er in principe geen onderling verschil. Je kan dan zelf dingen toevoegd die de pH of alcohol graad/ percentage veranderen. Je kan ook nog spelen met concentraties van bijvoorbeeld alcohol door verdunningen te maken.

pH en alcohol zijn dingen die inderdaad best duidelijk te testen zijn. Als extra variatie factor zou je je incubatie tijd kunnen verkorten of verlengen. Misschien dat sommige deodoranten sneller of langer werken. De temperatuur veranderen is denk ik inderdaad niet heel relevant voor jullie onderzoek.
Daarnaast moet ik ook eerlijk bekennen dat ik niet super veel ervaring heb omtrent deodorant. In theorie zou dit een goede opzet zijn maar de werkelijkheid wil nog wel eens tegenvallen... Voor mij dus ook een leuk experiment en les, daarom hoor ik graag hoe het verloopt!

Ik ben deze week druk bezig met mijn Bachelor thesis afronden, dus als het duidelijk genoeg is via de berichten vind ik dat momenteel heel fijn!
Succes met het practicum!

Met vriendelijke groet,
Demi

Hey IsaVerschuur,
Allereerst excuses voor de late reactie, ik wilde hier graag even rustig de tijd voor nemen.
Wat goed dat jullie al zo'n duidelijk plan hebben bedacht! Ik heb een aantal tips voor jullie practicum opzet, maar het ziet er al goed uit. Het grootste probleem is inderdaad het verkrijgen van een gepaste bacterie. Bij ons op de TU Delft hebben wij deze ook niet zomaar voor het pakken. Je zou naar voorouders kunnen kijken of aan jullie school kunnen vragen wat de mogelijkheden zijn. Je zou het namelijk naar de soort micro-organisme kunnen trekken. Dus niet per direct de GAS bacterie maar een andere bacterie die makkelijker te verkrijgen is. Het is dan minder representatief wat betreft de keelontsteking maar de meeste bacterieen zijn structureel en (soms ook biologisch) vrijwel hetzelfde waardoor je wel iets over het werkingsmechanisme van de antibacteriele werking kan vertellen. Overleg desnoods even met jullie begeleider hoe creatief je mag worden of hoe ver je van de GAS bacterie mag afwijiken!

Hieronder wat tips:

• voor de voorbereiding van de mensen van natuurlijke ingredienten: 100 ml mengsel is vrij veel, ik denk dat het een duidelijker resultaat zal geven als jullie de concentratie van het ingredient hoger maken, dus minder volume waarin jullie koken. Daarnaast denk ik dat een spray niet het gewenste effect zal geven. Je kan ook simpelweg druppels op de agar platen laten vallen en even laten intrekken voordat het de stoof in gaat, dan krijg je denk ik "hardere" groei/ geen groei lijnen. Deze methode is iets hardnekkiger voor de bacterien waardoor je een duidelijker resultaat zult krijgen. Doe dan overal dezelfde hoeveelheid, bijvoorbeeld een druppel van 1 of 2 mL of iets dergelijks, je zou ook nog binnen dezelfde test als het ware kunnen spelen met deze hoeveelheden, om te kijken of dat veel invloed heeft.

• In jullie document staat dat je de deksel beschrijft met de informatie over die specifieke proef, wat in de microbiologie gebruikelijker is, is om het op de bodem te schrijven, de kant waar de agar in gegoten is. De reden hierachter is namelijk dat deksels nog wel eens verwisseld kunnen worden. Dit heeft uiteraard geen invloed op jullie proef, maar misschien wel iets om in het achterhoofd te houden. Het is verstandig om dat te doen voordat je alle middelen en organismen toevoegt etc!

• Als jullie het leuk vinden zou je ook nog een bestaande thee uit de winkel mee kunnen nemen als test.

• Bouw ook altijd een controle in, dus een plaat met bacterien zonder enige voor van antibiotica of thee of iets dergelijks! Dan kan je bewijzen dat de incubatie omstandigheden wel goed genoeg waren voor de bacterie om te groeien en is je conclusie omtrent verminderde groei sterker.

• Als allerlaatste: check de verdubbelingstijd van je gebruikte micro-organisme. De ene groeit sneller dan de ander. Stel je hebt er een die heel langzaam groeit (bv lage specifieke groeisnelheid zoals dat heet), dan denk ik niet dat elke dag kijken en tellen heel veel zin heeft! Daarnaast is bloedagar niet voor elke bacterie nodig, voor de meesten is simpele agar met glucose al voldoende. Check dus even welke bacterie welke voedingsstoffen en temperatuur nodig heeft etc!

Kortom, de grootste hindernis is het vinden van een gepaste bacterie. Mijn advies is om te kijken naar biologische voorouders en te overleggen met je begeleider over wat mogelijk is en hoe ver je mag afwijken van de GAS bacterie. WIj kunnen jullie op het Science Center van de TU Delft niet op het lab helpen met dit onderzoek ivm risico-analyses etc. Echter denk ik dat jullie dit op jullie eigen school makkelijk kunnen uitvoeren als jullie een passende bacterie kunnen vinden! De werkwijze ziet er namelijk realistisch uit, goed gedaan!

Ik hoop jullie zo een beetje op weg te hebben geholpen, mochten jullie tegen problemen of vragen aan lopen: schroom niet om weer een bericht te sturen op het forum!

Met vriendelijke groet,
Demi

Hey mel_pws,
Wat leuk dat jullie toch doorgaan met jullie oorspronkelijke idee! Ik denk dat een bacterie opkweken van een stam beter is omdat je dan beter weet met welke bacterie je werkt, wat de bacterie nodig heeft om te overleven etc en dan is literatuur vinden makkelijker als jullie je resultaten gaan verklaren.

Wat betreft de deodorant is het denk ik inderdaad leuk om te kijken naar verschillende samenstellingen van ingrediënten! Een tip is om ook even te kijken welke parfum soort je zou willen gebruiken, want stel de bacterie groeit niet, wat is dan de onderscheidende stof die dat verschil maakt en waarom etc. Je kan nog steeds kijken naar de invloed van pH en temperatuur enzo, je kan met eenzelfde proefopzet verschillende factoren testen.
Kortom, probeer zoveel mogelijk de ingredienten onderling hetzelfde te houden, maar elke keer 1 factor/ ingredient anders. Op die manier kan je duidelijiker een conclusie trekken van je resultaten ipv dat het een samenloop van omstandigheden zou kunnen zijn! Ik heb het een beetje vaag verwoord maar ik hoop dat julliet het begrijpen, anders kan ik het altijd nog een keertje proberen (evt via een videogesprek!) :)

Ik denk dat dit een prima practicum is, zolang de uitkomst van het experiment maar op een manier te linken is aan jullie hoofdvraag en dat lijkt me hier wel het geval!

Succes met het practicum en als jullie voor die tijd nog vragen hebben of tips of tricks nodig hebben, laat het gerust weten!

Met vriendelijke groet,
Demi

Hey mel_pws,
Ja het kan inderdaad tegenvallen, maar uiteindelijk lukt het altijd :)

De workshop zal rond september van start gaan, maar door de vele aanmeldingen kan het zijn dat jullie in oktober/ november aan de beurt komen!

Succes!!

Met vriendelijke groet,
Demi

Hey mel_pws,
Ah dat is begrijpelijk! Ik moet eerlijk bekennen dat ik niet veel kennis heb over natuurlijke bacterieremmende stoffen. De hoofdvraag is inderdaad minder breed, maar zorg er wel voor dat je nog genoeg ruimte hebt voor het opstellen van deelvragen en dat je het belang van dit onderzoek noemt in je verslag. Aan de hand van jullie deelvragen is het denk ik iets makkelijker in te schatten hoeveel tijd hier in zal gaan zitten. Probeer ook in jullie onderzoek te vermelden hoe ze scheikundig van elkaar verschillen en wat de verschillende bacterieremmende werkingsmechanismen zijn. Mochten jullie nog geintereseerd zijn in de invloed van antibiotica op micro-organismen bieden wij op het Science Centre ook een workshop aan wat interessant kan zijn voor jullie onderzoek :). Deze resultaten kan je ook linken aan de gezondheidszorg als dat iets is waar jullie geintereseerd in zouden zijn.

Ik denk dat het een interessant onderzoek kan zijn, maar overleg vooral met je begeleider even wat er van jullie word verwacht!

Als jullie nog meer vragen hebben of feedback/ inspiratie zouden willen ontvangen kunnen jullie hier altijd terecht!

Met vriendelijke groet,
Demi

Hey Friesvanbeek,
wat leuk dat jullie aan microbiologie denken! Er is veel bekend over B. subtilis en zijn fantastische toepassingen. Je kan met dit organisme de biotechologie kant op gaan waarbij er idd interessante stoffen kunnen worden geproduceerd. Kwa literatuuronderzoek is hier wel genoeg over te vinden, het deel wat lastig kan worden is het praktische onderzoek. Een fermentatie of proef met een bioreactor (of micro-organisme in het algemeen) is niet gemakkelijk en snel op te zetten waardoor ik jullie op de TU Delft helaas niet kan helpen. Als jullie geintereseerd zijn in het anti-microbiele deel kan ik jullie wel verwijzen naar onze antibiotica workshop. Bij dit experiment zullen we jullie kort vertellen hoe antibiotica over het algemeen werkt en mogen jullie zelf aan de slag gaan met verschillende antibiotica en micro-organismen, waaronder Bacillus subtilis. Je kan dit experiment linken aan de gezondheidszorg en waarom antibiotica resistentie een probleem kan vormen voor het genezen van sommige ziektes.

Wat jullie ook zouden kunnen doen is kijken of jullie B. subtilis kunnen isoleren (kijk even op internet naar literatuuronderzoek) uit bijvoorbeeld de bodem of iets dergelijks. Mocht dat lukken zou je kunnen kijken wat de invloed is van omgevingsfactoren (bv pH, temperatuur, hoeveelheid voeding, anitbiotica etc.) op de groei van de cellen. Resultaten hiervan kan je betrekken tot bijvoorbeeld fermentatie omstandigheden en industriele toepassingen etc.

Kortom, literatuuronderzoek is er voldoende, maar zorg er vooral voor dat jullie een plan hebben voor het praktische deel van je pws!

Ik hoop jullie zo een beetje op weg te hebben geholpen. Mochten jullie nog meer inspiratie nodig hebben, feedback op hoofd/deelvragen of vragen in het algemeen kunnen jullie hier altijd weer terecht!

Met vriendelijke groet,
Demi

Hey tvr2009,
Wat een interessant onderwerp! Ik ben geen expert op nano/ farmaceutsich niveau maar ik weet wel het een en ander van de biologie en scheikunde! Je deelvragen zien er al sterk en specifiek uit, ik denk dat je met literatuur onderzoek ver gaat komen! Aangezien je in je deelvragen veel ingaat op de micel versie van nanodeeltjes is dit misschien ook goed om te noemen in je hoofdvraag. Dit zorgt er namelijk voor dat je hoofdvraag specifieker wordt en daarnaast goed wordt ondersteunt door je deelvragen waardoor je een mooi rond onderzoek krijgt.

Hou er wel rekening mee dat je waarschijnlijk een praktisch deel moeten doen voor je pws, met nanodeeltjes en medicijnen is dit vaak lastig te onderzoeken. Op de TU Delft kunnen wij je niet helpen met dit soort labwerk. Je zou zelf kunnen checken of je op school meer kan kijken naar de scheikundige kant van micellen (bv de vorming ervan en misschien wel een proefje met het "kritische micelconcentratie (CMC)" concept). Wie weet stuit je wel op een methode tijdens je literatuuronderzoek! Je zou ook kunnen kijken of je een zorginstelling kan benaderen of kan interviewen die werken met dit soort therapien (check wel met je begeleider of dit telt als praktisch onderdeel).

Ik hoop je zo een beetje inspiratie te hebben gegeven, mocht je nog meer vragen hebben kan je die hier altijd stellen :)

Met vriendelijke groet,
Demi

Hey jonna,
Excuses voor de late reactie! Voor september is helaas niet mogelijk omdat het Biolab gesloten is in de zomervakantie. Ik kan wel met zekerheid mededelen dat de workshop in september zal plaatsvinden (misschien dat het echter eind september wordt ivm de opstart van het lab).

Wat betreft jullie verschuiving naar de gezondheidszorg: resistentie is lastig te koppelen aan omgevingsfactoren, jullie zullen in je literatuuronderzoek zien waarom dit zo is. Kleine hint: vaak komt het door evolutie en kan je dit dus zelf moeilijk sturen. De bacterien zelf reageren op veranderingen in temperatuur, pH, voeding en werkzame stoffen in antibiotica etc. Tijdens de workshop wordt duidelijk hoe antibiotica de groei van bacteriën verstoord en waarom antibiotica dus soms kan werken als geneesmiddel (dat is dus de link met de gezondheidszorg).

Je zou wel de invloed van omgevingsfactoren (dus bijvoorbeeld pH en temperatuur) kunnen testen op de groei bacterien die je uit slootwater kan halen! Houd er dan wel rekening mee dat je niet kan bepalen welke soorten bacteriën in dat water aanwezig zijn, maar dat is voor jullie onderzoek geen probleem. Als je hulp zou willen bij het opzetten van zo'n dergelijk experiment kunnen we altijd even bellen :)

De deelvragen zien er goed en specifiek uit, ik denk dat jullie met literatuuronderzoek daar wel antwoorden op zullen vinden. De laatste deelvraag zal de link met de gezondheidszorg waarschijnlijk goed weergeven. Je zou dan de 'door antibiotica gelimiteerde' groei van bacteriën kunnen linken aan de toepassing in de gezondheidszorg (minder groei = het bestrijden van de 'ziekte', maar wanneer een bacterie resistent is geworden zul je zien dat het bestrijden van de ziekte tegenvalt).

Jullie zijn goed op weg en mocht je nog meer vragen stellen kan je die altijd op het forum stellen!

Met vriendelijke groet,
Demi

Hey jonna,
Wat leuk dat jullie willen kijken naar antibioticaresistentie! De workshops worden waarschijnlijk rond midden september pas weer gegeven, mijn collega en ik zitten in een drukke project/ tentamens periode en het biolab gaat in verband met zomervakantie voorbereidingen vaak iets eerder dicht. Mochten we toch nog een gaatje vinden zullen we zo snel mogelijk contact met jullie opnemen!
Afhankelijk van jullie hoofd en deelvragen kunnen we vast wel iemand vinden die jullie kan helpen met het interview! Is het meer microbieel en biologisch gericht of veel meer richting de zorg en ziekenhuizen? Ik hoor het graag :)

Als jullie nog andere vragen hebben kunnen jullie die natuurlijk altijd stellen!

Met vriendelijke groet,
Demi