PWS Eiwitten/aminozuren



  • Hallo allemaal,

    Samen met mijn partner moet ik dit jaar een begin maken aan mijn PWS. Als onderwerp hebben wij het knippen van eiwitten (en de ontstane aminozuren scheiden). We hebben al wat onderzoek gedaan en zijn te weten gekomen dat we een endopeptidase of een exopeptidase nodig hebben. Het liefst zouden we een exopeptidase hebben omdat die 1 aminozuur van de keten afknipt. We zijn er achter gekomen dat carboxypeptidase en aminopeptidase beide exopeptidases zijn, maar is hier makkelijk aan te komen? En we weten ook niet welk soort eiwit we zouden moeten gebruiken, en hoe we de losgemaakte aminozuren kunnen detecteren/scheiden. Een ander groepje doet een HPLC als PWS en onze scheikundeleraar had het idee dat wij zegmaar de opstap maken voor hun PWS, namelijk de aminozuren detecteren. Voorlopig hebben we ook nog niks kunnen vinden over de reactie zelf.

    Alvast bedankt voor jullie hulp.

    Tobias & Tjerk



  • Hoi Tobias en Tjerk,

    Mijn excuses voor deze heel late reactie, er was iets mis op de site waardoor jullie vraag niet in mijn overzicht belandde. Maar ik wil jullie natuurlijk graag helpen.

    Ten eerste lijkt jullie onderwerp me heel erg leuk! Maar ik snap niet het precieze doel van jullie project, moeten jullie de eiwitten alleen 'knippen'? Of moeten jullie ze ook detecteren? Een HPLC scheidt namelijk de verschillende stoffen en meestal wordt deze dus gebruikt om de aminozuren te detecteren... Of volstaat het als je met een indicator kunt aantonen dat de aminozuren aanwezig zijn?

    Jullie onderzoek is nog heel breed momenteel aangezien er inderdaad heel veel eiwitten zijn en er verschillende enzymen mogelijk zijn. Maar dit onderzoek lijkt me een goede om te verwerken in je deelvragen. Welk aminozuur valt makkelijk aan te tonen en is goed te 'knippen'? Welk eiwit heeft dit aminozuur als laatste functionele groep? Zo kunnen jullie al dit voorwerk mooi verwerken in je verslag, want het zal al veel tijd innemen denk ik.

    Ik heb gekeken of je carboxypeptidase en aminopeptidase makkelijk kan bestellen, dit kan wel maar het is wel prijzig. Voor 100 microliter betaal je al snel 100 euro. Dit lijkt me nogal prijzig voor een PWS. Maar misschien dat je kunt werken met voedingssupplementen. Tegenwoordig worden er heel veel producten verkocht wat de spijsvertering moet bevorderen. Deze bestaan uit bacterien maar vaak ook uit enzymen. Ik ga hier nog verder naar kijken, maar wilde jullie nu graag al een antwoord geven.

    Over de reactie, een enzym werkt als een katalysator. Dit houdt in dat het enzym de reactie bevordert (versneld of uberhaupt zorgt dat de reactie plaats kan vinden) maar zelf niet deelneemt aan de reactie en aan het eind nog geheel intact is. De reactie die plaats vindt om het aminozuur te scheiden heet een hydrolyse met behulp van water. Kijk hier voor de reactie bij 'hydrolyse van eiwitten'.

    Een enzym bindt zich aan het eiwit, doordat het enzym nu vast zit aan het eiwit verandert dit de uiterlijke structuur van het eiwit enigszins. Hierdoor komt de verbinding tussen de aminozuren beter 'bloot te liggen' en kan het met water reageren. Nadat de reactie heeft plaatsgevonden ontbindt het enzym zich weer van het aminozuur. Hier vind je een uitgebreidere beschrijving van eiwitten.

    Ik ga dus kijken of je enzymen uit voedingssuplementen kunt gebruiken, voor jullie lijkt het me een goede volgende stap om te zoeken naar een aminozuur dat makkelijk aan te tonen is met een indicator. Natuurlijk moet dit aminozuur wel goed te 'knippen' vallen met een exopeptidase.

    Veel succes en jullie horen binnenkort meer.

    PS Nu het andere groepje HPLC gaat doen, betekent dit dat jullie dit niet meer hoeven te doen en ik dus niet meer hoef te kijken of jullie het hier op de TU Delft kunnen doen?


Aanmelden om te reageren
 

Het lijkt erop dat je verbinding naar Forum verloren is gegaan, wacht even terwijl we de verbinding proberen te herstellen.